分公司需要向 其机构所在地的主管税务机关申报缴纳的税种主要包括以下几种：
企业所得税
若分公司具备独立核算的条件，则作为独立的纳税主体，需向分公司注册登记地的税务机关申报缴纳企业所得税。
若分公司未独立核算，则其所得税由总公司汇总缴纳。
增值税
分公司若办理了税务登记，则为独立的增值税纳税人，应单独申报缴纳增值税，并向其机构所在地的主管税务机关申报纳税。
若分公司未办理税务登记，则由总机构汇总缴纳增值税。
城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加
这些税种一般根据增值税或消费税的缴纳情况，在分公司所在地进行申报缴纳。
个人所得税
分公司需要为员工支付工资并代扣代缴个人所得税，该税种征收个人的收入来源。
印花税、房产税、土地使用税
这些税种根据分公司的实际情况，在所在地申报纳税。
其他税种
根据具体的业务性质和地区政策，分公司可能还需缴纳其他税种，如营业税、资本利得税等。
总结：
分公司需要根据其是否独立核算以及具体的税务登记情况，向所在地的主管税务机关申报缴纳相应的税种。独立核算的分公司需独立缴纳企业所得税和增值税等，非独立核算的分公司则其税款由总公司汇总缴纳。此外，分公司还需缴纳个人所得税、印花税、房产税等地方税种。
